在制藥行業的超純水系統處理工藝中，通常需要將反滲透系統與二氧化碳脫氣系統相結合，以將電導率降至1.1 uS/cm以下。在某些特殊情況下，例如高含鹽量的飲用水，有必要用電脫鹽系統（EDI）取代第二級反滲透，這樣可以很容易地將電導率降至0.5 uS/cm以下。反滲透+EDI系統的投資成本略高于第二級反滲透系統，而運行成本基本相當。此外，反滲透+EDI系統最常用的原因是出水電導率較高。

預處理

      預處理的目的是保護下游的反滲透膜。 應根據飲用水的水質選擇使用何種處理方法。通常建議使用樹脂進行水軟化，以防止膜結垢和殘留金屬（鋁、鐵、錳等）污染。此外，通常還需要進行除氯處理。

反滲透或反滲透+電極脫鹽工藝

      出水電導率受兩個因素的影響：原水電導率和總堿度。反滲透膜無法去除溶解的二氧化碳（取決于pH值）。因此，一旦水被軟化，就需要在高pH值下運行或使用脫氣膜脫氣。

      然后需要第二級反滲透系統或電除鹽系統，如下圖所示為制藥行業的超純水處理系統。在該系統中，98%的反滲透出水將被使用，水質高于16 MQ-cm（小于0.065 uS/cm），而2%的濃縮液可回收利用。與采用低壓膜組件的二級反滲透系統相比，電除鹽系統的能耗降低了約20%。由于電除鹽系統不能有效去除二氧化碳，建議使用脫氣膜去除一級反滲透出水中的二氧化碳。

      凈化后的出水被送入分配管線。在這里，出水還要經過紫外線消毒和臭氧氧化，以確保水中的有機物和細菌濃度保持在非常低的水平。